Τα ανασυνδυασμένα εμβόλια βασίζονται στην έκφραση ανοσογονικών περιοχών ενός παθογόνου που εκφράζεται σε έναν ξενιστή από τον οποίο το αντιγόνο που θα αποφέρει προστασία, καθαρίζεται και χρησιμοποιείται στη σύνθεση εμβολίου. Για την ανάπτυξη ενός εμβολίου με βάση αντιγόνο πρωτεΐνης, το αρχικό στάδιο είναι ο χαρακτηρισμός πρωτεϊνικών ενώσεων από βακτηριακά παθογόνα με την μέθοδο της ηλεκτροφόρησης σε πηκτή πολυακρυλαμιδίου (2D-SDS-PAGE). Η ανάλυση των ορών με Western blot που συλλέχθηκαν από μολυσμένα / επιζώντα ψάρια θα οδηγήσει στην ταυτοποίηση του πιο ανοσογόνου αντιγόνου που αναγνωρίζεται εύκολα από το ανοσοποιητικό σύστημα του ξενιστή, προκαλώντας την ανοσολογική απόκριση. Μόλις ταυτοποιηθούν οι ανοσογονικές πρωτεΐνες, είναι δυνατόν να παραχθούν σε μεγάλες ποσότητες με τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA, να καθαριστούν και να χρησιμοποιηθούν για τον εμβολιασμό ψαριών. Η παραγωγή ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών έχει πολλά πλεονεκτήματα: η καλλιέργεια των βακτηρίων είναι οικονομική διαδικασία για να παράγονται εμβόλια σε μεγάλη κλίμακα, και επιπλέον αυτά τα εμβόλια είναι ασφαλή και οικονομικά σε σύγκριση με τα ζωντανά εξασθενημένα βακτηριακά εμβόλια, τα οποία μπορεί να επανακτήσουν την παθογονικότητά τους. Αρκετά εμβόλια με βάση την ανασυνδυασμένη πρωτεΐνη διατίθενται στο εμπόριο και σημαντικές ασθένειες των ψαριών αντιμετωπίστηκαν επιτυχώς χρησιμοποιώντας ανασυνδυασμένα εμβόλια, όπως αναφέρεται στο κεφάλαιο 17 Biotechnological approaches to fish vaccine of Genomics and Biotechnological Advances in Veterinary, Poultry, and Fisheries, (2019).

Στην πραγματικότητα, αυτογενή και εμπορικά εμβόλια είναι διαθέσιμα για τη λακτοκόκκωση όμως, όλα αυτά τα εμβόλια πρέπει να χορηγούνται με ένεση με διαδικασίες που μερικές φορές είναι πολύ περίπλοκες και δαπανηρές για εκτροφές μικρής κλίμακας. Η αποτελεσματικότητά τους είναι περιορισμένη χωροτακτικά για τα αυτογενή και χρονικά για τα εμπορικά. Αυτό το ζήτημα θα αντιμετωπιστεί στο πρόγραμμα SUPERTROUT, μετατρέποντας τις μεθόδους παραγωγής και χορήγησης, σε μια προσπάθεια να αναπτυχθεί  ένα εμβόλιο ανασυνδυασμένης πρωτεΐνης που θα χορηγείται με εμβάπτιση. Αυτός είναι ο βασικός στόχος του πακέτου εργασίας 3 του έργου SUPERTROUT, στο οποίο οι δεξιότητες και οι γνώσεις των διαφόρων εταίρων θα συνδυαστούν για την ανάπτυξη ενός αποτελεσματικού εμβολίου για την καταπολέμηση της λακτοκόκκωσης στην ιριδίζουσα πέστροφα.