Rekombinant aşılar, heterolog bir konakçıdaki immünojenik hedef bölgelerin ekspresyonu sonucu oluşan koruyucu antijenin saflaştırılarak aşı içeriğinde kullanımına dayanır. Antijenik protein bazlı bir aşının geliştirilmesi için öncelikle iki boyutlu denatüre edici poliakrilamid jel elektroforezi (2D-SDS-PAGE) ile bakteriyel patojenlerden multipleks protein bileşikleri karakterize edilmelidir. Enfekte / hayatta kalan balıklardan toplanan serumların Western blot analizi ile konakçının bağışıklık sistemi tarafından kolayca tanınabilen ve tepkisini uyarabilen immünojenik antijenlerin tanımlanması yapılabilir. İmmünojenik proteinler tanımlandıktan sonra, rekombinant DNA teknolojisi ile yüksek miktarlarda üretilebilir, saflaştırılabilir ve balıkları aşılamak için kullanılabilir. Rekombinant proteinlerin üretilmesinin birkaç avantajını sıralamak gerekirse; bakterileri üretmek ekonomiktir, yüksek miktarda aşı üretimine olanak tanır ve dahası bu aşılar patojenik ajanlara dönüşebilen canlı atenüe bakteri aşılarına göre çok daha güvenli ve ekonomiktir. Çeşitli rekombinant protein bazlı aşılar ticari olarak mevcuttur ve Biotechnological approaches to fish vaccine of Genomics and Biotechnological Advances in Veterinary, Poultry, and Fisheries, (2019) kitabının 17. bölümünde de belirtildiği gibi önemli balık hastalıklarına karşı kullanılmaktadır.

Aslında piyasada laktokokkosis hastalığına karşı kullanılabilecek otolog ve ticari olarak adjuvanlanmış aşılar bulunmaktadır. Fakat mevcut tüm aşılar sadece enjeksiyon yöntemi ile uygulanabilmekte, bu yöntem de küçük ölçekli balık çiftlikleri için bazen çok karmaşık olup pahalıya da mal olabilmektedir. Ayrıca bu aşıların etkinlikleri mekân (otolog) ve zaman açısından sınırlıdır. Bu sorun SUPERTROUT projesinde ele alınacak konulardan bir tanesi olup, rekombinant protein aşılarının üretim ve uygulama yöntemleri değiştirilerek immersiyon (daldırma) yolu ile uygulanabilecek bir aşı geliştirilmeye çalışılacaktır. Geliştirilmek istenen bu aşı SUPERTROUT projedeki İş Paketi 3’ün en önemli amaçlarından birisi olup, proje ortaklarının bilgi, birikim ve becerilerinden faydalanılarak gökkuşağı alabalıklarındaki laktokokkosis hastalığı ile mücadelede etkin bir aşının geliştirilmesinde kullanılacaktır.